目前治疗尖锐湿疣主要是以外治为主，内治为辅。下面分别是冷冻疗法、激光治疗、微波治疗、电烧灼、手术治疗、光动力治疗的对比。药物治疗方便，易于操作，但有些药物有灼伤粘膜的可能。激光治疗、冷冻治疗、微波治疗需要术者有高超的技艺，准确地破坏病变组织。
一、冷冻疗法冷冻治疗是一种皮肤科常用的治疗方法，它是以液氮或二氧化碳干冰冷冻皮肤病损，使皮肤损害局部水肿、坏死，以达到治疗的目的。尖锐湿疣是由于尖锐湿疣病毒的感染，导致皮肤粘膜的良性增生。它有大量的小血管，增殖迅速。用冷冻的方法可使尖锐湿疣内结冰，形成组织局部的高度水肿，从而破坏疣体。冷冻治疗的最大好处是局部不留痕迹，治愈率约70%左右。可用喷雾法或直接接触法，适用于平坦较小的疣体。一般每周冷冻1次，连续2～3次。
二、激光治疗激光治疗是皮肤性病科常用的治疗尖锐湿疣的方法。它的特点是见效快，在治疗的当时，疣体即可脱落。常用的是二氧化碳激光，烧灼疣体，一般1次即可使疣体脱落。但是，由于激光的光束过于集中的原故，激光治疗只适用于疣体不太大的尖锐湿疣，如疣体较大，激光治疗很容易复发。
三、微波治疗微波治疗是进入90年代后兴起的治疗方法。它的原理是利用微波的高频震动，使疣体内部水分蒸发，坏死脱落。微波治疗的特点是，疣体破坏彻底，不易复发，但创面恢复较慢，容易继发感染。所以微波治疗特别适用于治疗疣体较大的，孤立、散在的，同时要远离包皮系带的尖锐湿疣，以防损伤包皮系带，影响男性的性功能。
四、电烧灼电烧灼是较老的一种治疗方法。过去皮肤科医师常用高频电刀或电烙铁烧灼寻常疣、色素痣及其他皮肤赘生物。它的特点是操作简单，见效快。高频电刀能直接切除和干燥疣体，治疗也较彻底，但是，电烧灼疮面愈合较缓慢。综上所述，电烧灼治疗，可用于任何尖锐湿疣的治疗，但是对施术者的技术要求较高，烧灼太过或不足都是有害的。同时要注意无菌操作，预防感染。
五、手术治疗尖锐湿疣一般不主张手术切除，因为手术治疗后，尖锐湿疣很容易复发，使治疗失败。但对带蒂的较大的疣体可考虑手术切除。有的患者尖锐湿疣生长过于迅速，或大如菜花，其他治疗十分困难，可考虑手术治疗。为防止复发，术后配合其他治疗。六、光动力治疗光动力治疗尖锐湿疣，是目前比较好的方法，其方法复发率低，无创，可以清除潜伏病毒。但是其治疗费用高。